四川省的巴县、峨嵋和乐山。直到抗日战争胜利后，三处文物复集中于重庆，于1947年运回南京。在中国人民解放军即将渡江之际，自1948年底至1949年初，南京国民党政府从南京库房中挑选出2,972箱文物运往台湾，后于台北市士林外双溪建立新馆，公开对外展出。余下的大批文物，在1949年以后陆续运回故宫博物院一万余箱，但至今还有2,221箱仍封存于南京库房，委托南京博物院代为保管。在这场长达十余年的惨烈的战争期间，由于故宫博物院的工作人员不畏艰难险阻，尽职尽责，南迁文物数量虽巨，却没有一件丢失和损伤，故宫人员的精神、事迹，可歌可泣。可又是因为这场战争，致使故宫的文物分处异地。这份祖国传统文化之珍藏应是一个整体，而尤与紫禁城建筑不可分离，人们相信，终有一日，其终将得以完璧。 
    中华人民共和国成立后，故宫博物院的职工以崭新的精神面貌投入工作。拔除杂草，疏通河道，清理垃圾。50年代初，从宫内清除出去的上百年的垃圾竟达250,000立方米，自此院容焕然一新。故宫博物院制定了“着重保护、重点修缮、全面规划、逐步实施”的古建维修方针，经过几十年的努力，许多残破、渗漏、瀕临倒塌的大小殿堂楼阁得到了修复和油饰，愈显金碧辉煌。院内各处高大宫殿都安装了避雷设施，又以巨额投资建设了防火防盗监控系统和高压消防给水管网，使这座古老的宫殿建筑得到了更加有效的保护。特别是改革开放后，在人民政府的大力支持下，彻底整治了环绕故宫的筒子河，更好地凸现了昔日皇城的风貌。 
    在文物工作方面，五六十年代的重点是对故宫博物院旧藏的清宫文物重新清点核对，登记造册，进行鉴别、分类和建档，纠正了过去计件不确之处并增补了遗漏的文物，例如从杂物堆中发现了用草帘裹着的象牙席、修复漱芳斋戏台时发现在地板下存放的传为唐代卢棱伽的《六尊者像》册等。通过长达十余年的工作，总计清理出清宫旧藏文物七十一万余件。与此同时，还通过国家调拨、向社会征集和接受私人捐赠等方式，新入藏文物达二十二万余件之多，大幅度地填补了清宫旧藏文物时代、类别的空缺和不足，诸如石器时代的彩陶，商、周时代的青铜器、玉器，汉代的陶俑，南北朝时代的石造像，唐代的三彩等。而新入藏的古代法书名画尤为大宗，为世所注目。如晋代陆机《平复帖》、王珣《伯远帖》、顾恺之《洛神赋图卷》，隋代展子虔《游春图卷》，唐代韩滉《五牛图卷》、杜牧《张好好诗卷》，五代顾闳中《韩熙载夜宴图卷》，宋代李公麟《临韦偃牧放图卷》、郭熙《窠石平远图》、张择端《清明上河图卷》等，均是人间瑰宝。此项工作数十年坚持不懈，近年还从市场上以巨资购回宋代张先《十咏图卷》，元代迺贤《城南詠古诗》，明代沈周《仿黄公望富春山居图卷》，清代石涛《高呼与可图卷》等，尤其前两件是溥仪以赏溥杰为名从宫中盗出而流散民间的，今日复归宝藏。 
    为保护好这批数量巨大的古物瑰宝，从五六十年代起对原有库房进行了大规模的修整，采取了防潮、防虫的各种措施。九十年代后又建立了新的文物库房，可入藏文物六十余万件。新库房恒温、恒湿，防火、防盗，并采用现代化技术自动控制，可保文物安全无虞。自1950年开始，组建了文物修复工厂，1980年扩建为文物保护科学技术部，继承、利用传统工艺技术和引进自然科学新成果，对残损的文物进行修复，数十年来为本院及兄弟单位累计修复文物达十一万余件。 
    为了使院藏瑰宝和广大观众见面，在陈列展览方面，除了保存和复原三大殿、后三宫和西六宫等处的原状陈列之外，又不定期开辟了青铜、陶瓷、工艺、书画、珍宝、钟表等专馆，供参观者欣赏。还开设有临时展厅，举办各种主题性展览，如近年来的《古书画真伪对比展》、《古陶瓷真仿品对比及古窑址资料展》、《清代宫廷包装艺术